Erstmals wurde das Dorf "Cotzebant" 1355 in einer Urkunde erwähnt. Diesen Namen trägt das Dorf bis zum Jahr 1694. Als der Kurfürst Friedrich III das Dorf von Heinrich Wilhelm von der Gröben kauft, tauft er es in Bötzow um. Den Namen Bötzow trug das heutige Oranienburg bis zu seiner Umbenennung im Jahr 1653.
Von 1650 an war Cotzebant/Bötzow die Hauptpoststation für das Land Glien an der Poststraße Berlin - Hamburg.
Mit dem Einzug der Großindustrie in Hennigsdorf und dem damit verbundenem Bedarf an Arbeitern und deren Unterbringung, wurde 1926 eine Siedlung Neu-Bötzow gegründet. Diese entstand auf den schlechtesten Böden des 1919 aufgelösten Bötzower Gutes. Im Jahr 1936 wurden Bötzow und Neu-Bötzow zu Bötzow zusammengefasst.
Die Osthavelländische Kreisbahnen AG baute, unter Anderem, in den Jahren 1903/04 die Kleinbahnstrecke Velten-Bötzow-Nauen und 1908/09 die Strecke Bötzow-Spandau(Johannesstift). In den Nachkriegsjahren ging der Verkehr auf der Strecke Bötzow-Spandau immer weiter zurück und so wurde 1953 die Strecke eingestellt. Auf der Strecke Velten-Bötzow-Nauen wurde der Personenverkehr 1963 eingestellt und 1964 auch der Güterverkehr.
Mit dem Bahnanschluss entstand 1905 in Bötzow West eine Müllverwertung. Dort wurde der Hausmüll aus Berlin mit der Eisenbahn antransportiert und per Hand sortiert. Es wurden alle wiederverwertbaren Materialien, wie Glas, Metalle und Stoff aussortiert und der kompostierbare Rest auf sumpfigen Wiesen zwischen Bötzow und Wansdorf ausgebracht. Als im Jahr 1917 die Auslademöglichkeiten erschöpft waren, wurde der Betrieb aufgelöst.
Im Jahr 1920 wurden die Gebäude der ehemaligen Müllverwertung von der Firma "OEMETA Chemische Werke GmbH" übernommen. Es wurden Bohr- und Schneidöle dort hergestellt. Ende der 20er Jahre begann man dort mit der Herstellung von Schleifscheiben. 1952 wurde das Werk selbstständig und nannte sich nun "VEB Schleifscheibenfabrik Bötzow". Auch heute (2008) werden noch in der "Bötzower Schleifwerkzeuge GmbH" Schleifscheiben hergestellt.
In den Jahren 1941 bis 1945 wurde auf dem Mathiasberg ein Windkraft-Versuchsfeld von dem Ingenieur Hermann Honnef betrieben. Hier sind erstmals in Deutschland Großversuche zur Nutzung der Windenergie durchgeführt worden. Es wurden 5 Anlagen mit Leistungen zwischen 500W und 15kW getestet.
Durch die Gründung der Großgemeinde Oberkrämer im Jahr 2002 wurde Bötzow zu einem Ortsteil von Oberkrämer.